被称为木星蜥蜴的神秘敌人第一次袭击地球是在2195年,面对拥有压倒性力量的敌人,地球军束手无策,火星连同殖民地一起落入敌人手中。这就是“第一次火星会战” 一年之后,为了夺回火星,民间组织尼鲁加路重工以最新的科技造出新型战舰NADESICO号,召集来的船员包括以年轻的女舰长御统由利加为首,她青梅竹马的朋友,身兼厨师和机师的天河名人,其他船员虽然各有所长,但人格和来历都有一点问题。 在战斗变得白热化之际,一个重大的真相被揭发了,敌人原来是100年前被放逐到木星的地球人子孙。他们想得到能够令其运用来往行星间的瞬间移动技术,玻色子跳跃的火星遗迹。 跟木连的和谈以失败告终,为了争夺火星的遗迹,NADESICO、木连和尼鲁加路的三方混战开始了,到此为止,是地球跟木连战斗的历史,后来,地球和木连结盟,宇宙总算恢复和平,以上是TV版的剧情。
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